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本能寺の変後は北ノ庄城主柴田勝家、富山城主佐々成政と結んで羽柴秀吉とは対立したが、勝家は天正11年（1583年）の賤ヶ岳の戦いで秀吉に敗れ、成政も天正13年（1585年）の越中征伐で秀吉の侵攻を受けることになる。
この時秀吉は越前大野城主金森長近に飛騨攻めを命じ、長近は養子の可重に別働隊を率いさせて南北から松倉城に迫った。
松倉城は頼綱から家督を譲られていた秀綱が守っていたが、味方の裏切りもあって落城、高堂城にいた頼綱も降伏し、戦国大名としての姉小路氏は滅亡した。
飛騨攻めの後、長近は飛騨一国を与えられ松倉城を改修したが、天正16年（1588年）に高山城を築き居城とすると、松倉城は廃城となった。

松倉城は山頂に本丸を置き、北東が大手、西側が搦手となっている。外郭で囲まれた主郭の東側には二の郭、西・南側には三の郭がＬ字型が配置された。
南北約22メートル、東西約24メートルの主郭は、南北約30メートル、東西約37メートルの外郭で西と南をＬ字型に囲まれ、南側には小規模ながら枡形虎口が設けられた。
主郭より約8メートル低く、石垣で隔てられている三の郭には南端と西端に櫓が置かれた。二の郭は南東端に大手門が置かれ、その先には小曲輪があり、さらに先の段状の曲輪群を経て大手口につながっている。
松倉城では主郭など城の主要部に石垣が用いられているのが特徴で、その多くは自然石を加工せずに積み上げた中世城郭によく見られる野面積みだが、角部には加工した石を使用し石垣の隙間は詰石で埋めているなど近世城郭に近い構造にもなっており、中世城郭から近世城郭へと移行する転換期の城だったと考えられる。