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永禄11年（1568年）足利義昭を奉じた織田信長が上洛を図ると、南近江最大勢力である六角氏に協力を求めたが、当主六角義賢は協力を拒むとともに、三好三人衆と結びこれに対抗した。
これは、永禄期の六角氏は織田信長と同盟した浅井長政と対立関係にあったことが大きな要因であると考えられる。
六角氏方は織田氏やそれに同盟する浅井氏など諸勢力の進出に備え、和田山城?など、主要な支城に兵をおき待ち構えていたが、織田氏側は散らばった支城には必要な兵力だけをおき、主力はそのまま観音寺城に隣接する当城に殺到した。
支城網で食い止めるという六角氏側の狙いは破綻したものの、箕作城は支城とはいえれっきとした山城で、吉田出雲守をトップに守備兵3000と十分な兵力が配されていたこともあり守備隊は激しく抵抗、結局織田方の攻撃は頓挫し日が暮れた。
この状況に対し木下秀吉はその日の晩に夜襲を敢行し、これが完全な奇襲となったことで守備隊が混乱、吉田出雲守も戦死し、昼間の奮戦から一転夜明け前には落城してしまった。
観音寺城の目と鼻の先である箕作城落城の衝撃は大きく、和田山城?の守備隊は逃亡、六角義賢も観音寺城では戦えないと甲賀へ落ち延びたことで観音寺城の戦いは終結し、近江源氏の名門六角氏はそのまま没落した。
六角氏敗北をうけて、三好三人衆も正面きってぶつかることはできないと京都から後退し、ついに織田信長の上洛を阻む者はなくなった。
一方、この戦いで織田方は1500人前後の戦死者を出しており、昼間の守備隊の抵抗がいかに激しかったかを如実に示している。

箕作城は観音寺城の戦い終結とともに廃城となったと見られ、城跡には山頂付近に石垣が確認できる他は目立った遺構は確認できない。