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14世紀末になると奥州家は、その薩摩進出に懸念を抱いた総州家との抗争にいたり、当初は不利であったものの、島津一族である伊作氏、伊集院氏、樺山氏、新納氏の協力をとりつけ薩摩半島を掌握するなど戦況をひっくり返した。
最終的には優位な状態のまま、勘合貿易への影響を恐れた幕府の仲介で講和を結び、島津伊久が死ぬとさらに勢力を広げ、1409（応永16）年にとうとう薩摩守護を得、島津宗家の地位を獲得した。
結果、清水城は島津宗家の城となりそれから140年歴史を重ねたが、奥州家の地位が低下し、最終的に分家である相州家の島津貴久がその跡を継ぐと、清水城は手狭として、新たに内城を築き移った。
その際に清水城の居館部分は廃されたが、後詰めの城は有事の備えとして残され、島津家中でもその後も一城として認識されていたと考えられている。
これは、島津忠恒が鹿児島城の築城を始めようとした際に、父島津義弘がこれに反対し、既存の城である一宇治城?か清水城を使うべきと言ったとされることからもうかがえる。
最終的に鹿児島城が築城されることになると、後詰めの城としても位置づけも薄れたことから、この頃に廃城になったとされる。

居館跡地には内城に移動して間もなく、真言宗寺院である大乗院が建立され、島津氏縁の寺院として薩摩藩でも有力な寺院であったが、廃仏毀釈によって廃寺となっている。

居館跡地は現在は清水中学校の敷地となっており、大乗院時代も含めてめぼしい痕跡は見当たらない（薩摩藩内では明治以前、島津斉彬時代から藩主導で廃仏毀釈を行い、古い寺院がすべて消滅した、というほどの徹底した破壊が行われている）。
後詰めの城の跡地は藪の中になっているところが多く、堅堀やわずかながら土塁らしきものの跡などが残っているとされているものの、一帯は後世の開削の影響も受けているともされており、その実像ははっきりしないようである。