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百地氏は、千賀地氏城の服部半蔵で知られる服部氏、藤林長門守城の藤林長門守で知られる藤林氏と並んで、伊賀上忍三家に数えられている。
しかし、百地丹波と藤林長門守は同一人物であったともされ、実態は詳らかではない。

天正7年（1579年）、織田信長の次男・信雄は滝川雄利に伊賀丸山城を修築させたが、完成直前に百地氏、藤林氏ら伊賀衆が結束し伊賀丸山城を奇襲すると、雄利らは伊勢国へ敗走した。これをきっかけに、同年9月16日、信雄は信長の許可を得ず独断で8000の兵を率いて三方から伊賀国を攻めたが敗走した。（第一次天正伊賀の乱）
信雄は織田家の重臣・柘植保重が討ち死にするなど甚大な被害を出したために、信長に「次にやったら親子の縁を切る」と叱責されている。

石山御坊（石山本願寺）との抗争を終息させた信長は改めて信雄を総大将とし、天正9年（1581年）に5万の兵で伊賀国に侵攻することを決意した。（第二次天正伊賀の乱）
伊賀衆は比自山城、平楽寺（のちの伊賀上野城）に籠城するなど抵抗し、特に比自山城は何度も攻撃を防いだが、織田勢の総攻撃の前に柏原城に逃亡した。
その後、織田勢の調略を受けて内応する者が多く出ると伊賀衆は破綻し、城兵の命を助けることを条件に柏原城を開城して和睦した。
百地丹波はこの戦いで討ち死にしたが、近年の研究では百地丹波とは別人であり、百地丹波の孫とも言われる百地三太夫は柏原城から脱出し、根来寺（根来城）に落ち延びたとされる。
この戦いのあと、百地氏は「ももち」の「ち」が「血」を連想させることから「ももじ」と読み方を改めたとされている。