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小田原城に本拠が移ってからも韮山城は後北条氏の重要な支城として機能し、永禄末年には北条氏康の四男・氏規が城主となって伊豆支配の中心とした。
豊臣秀吉が後北条氏家臣で沼田城代の猪俣邦憲による名胡桃城占拠を惣無事令違反とし対立が深刻化すると、韮山城は韮山道で連絡する山中城や足柄峠の足柄城とともに後北条氏の最前線の城となった。
秀吉による小田原攻めが始まると、韮山城は小田原城の支城として豊臣方の約4万4100人の軍勢を約4000人弱で迎え撃ち、10倍以上の軍勢を相手に約3ヶ月間持ちこたえた。
後北条氏滅亡後には徳川家の譜代内藤信成が城主になり、関ヶ原の戦いで4万石に加増され駿府城を与えられると韮山城は廃城となった。

韮山城は本城が築かれた龍城山を中心に、後背の山の頂部に天ヶ岳砦を築き、そこから派生する尾根は堀切で遮断して山麓に4つの砦を配し、総合的に見ると厳重な造りの典型的な平山城である。
これらの山が龍のような形をしていることから、韮山城は別名「龍城」とも呼ばれていた。
韮山城には常時の居城と山麓の砦としての役割があり、天ヶ岳を利用して各砦への移動を図る構造だったと思われる。
往時は周囲の田園は湿地帯で天然の水堀としていた可能性があり、大軍の展開はしにくかったものと考えられる。
また韮山城の周囲には豊臣方が城攻めの際に築いた陣城跡が残っており、城攻めに際する陣城造りの一例として注目されている。