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室町期には当初守護であった山名氏、そしてそれにかわった京極氏に仕え所領の安堵を受けていたと見られるが、尼子経久が京極氏にとってかわると、三沢為国は経久と対立したが長享2年（1488年）に降伏し、尼子氏の旗下に入った。
戦国期の当主である三沢為幸は天文9年（1540年）の吉田郡山城攻めの際に戦死、その子為清は一旦大内氏に降るも月山富田城攻めで尼子氏に再度寝返り、大内勢総崩れの引き金を引くなど、もっぱら尼子氏に従って活躍した。
その一方で、半独立した国人領主としての性質も強く、尼子氏の命に従わずに攻撃を受けるなどした他、中央集権化を進めていた尼子晴久は三沢氏の権益を奪うなど、三沢氏は尼子氏から圧迫を受け、徐々に不満を募らせていった。
急死した晴久の跡を継いだ義久は三沢氏の懐柔を図るも、最終的に不満の方が大きかったか、永禄4～5年（1561～1562年）にかけて、赤穴氏、三刀屋氏などとともに毛利氏に降伏し、毛利氏の尼子攻めに加わった。
その後の三沢氏は尼子再興軍に関わることもなく一貫して毛利氏に仕えたが、三沢為虎は天正17年（1589年）三沢の所領を没収され、かわりに長門国厚狭郡に1万国をあてがわれた。
三沢城はこれ以降史料に現れることもなく、この時に廃城になったと見られる。

その後の三沢氏は長州藩家老を務めるなど長州藩重臣として続いた他、長州藩を出奔した為虎の子為基は仙台藩に仕え、その子清長の娘が仙台藩第3代藩主伊達綱宗に嫁ぎ、第4代藩主綱村、宇和島藩第3代藩主宗贇の母となったことから、清長の流れは仙台藩の重臣となった。
他にも、鳥取藩池田氏に仕えた仕えた一族がいたという。

城跡は現在でもよく保存されており中世期の大規模山城の威容を伝えている。主郭部分への登城ルートも整備されており、その途中で大手口の石垣や、本丸堀切跡などが確認できる。