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大友氏館跡地からは中国や東南アジアとの交易で集まった陶磁器やキリシタンのロザリオやメダルが多数発掘されている。
また南東側には大友氏菩提寺の万寿寺の跡が、北西側には大友義鎮（宗麟）の時代のイエズス会府内教会の跡地が確認される。
大友氏は大友宗麟の時代に最盛期を迎えるが宗麟は拠点を臼杵城に移した。しかし府内の大友氏館も平行して使われていた。
天正14年の豊薩合戦で府内は島津勢が乱入して焼き討ちを行い、大友氏館も焼き払われた。出土した陶磁器からは焼かれた痕が見つかっている。
その後、大友義統が朝鮮出兵で味方を救援せず敵前逃亡した失態で改易され、豊臣秀吉の馬廻衆早川長政（長敏）が代官として府内に入る。
早川長政は大友氏館を修繕して移り住んだといわれる（豊薩合戦後に再建されていた？）が、後に杵築城に改易となる。
府内は長政の同僚でもあった福原直高に与えられ、直高は府内城を新造して大友氏館は廃された。このとき上原館・高崎山城も廃城となった。

1990年代後半、付近を通るJR九州日豊本線・豊肥本線の連続立体交差化事業が計画される。
先立って行われた1996年以降の調査で大規模な建物の跡が発見され、さらに大規模な発掘調査が行われて2001年に国の史跡に指定された。
大分市は今後大友氏館の跡地を歴史公園として整備していく考えであり、その中には館の主殿および庭園の復元再建も含まれる。

二階崩れの変

天文19年（1550年）2月、20代当主・大友義鑑の家臣によって義鑑の三男塩市丸とその母が殺され、義鑑自身も重傷を負って数日後に没した事件。
義鑑が嫡男義鎮を廃して塩市丸を嫡男にしようとして義鎮派の家臣の粛清を計画したが、それが漏れて逆襲を受けたものとされる。
この事件の結果義鎮が家督を継いで当主となった。いわば戦国大名大友宗麟を生む契機となった事件である。
事件に義鎮がどの程度関わっていたかについては、まったく無関係で家臣の暴走だったとする説から義鎮の指示で起きた説まで諸説ある。
居館の二階で就寝中の義鑑を襲撃したことからこの名で呼ばれているが、この居館が大友氏館と上原館のいずれかは定かではない。