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一般に小田原攻めにより小田原城が開城したことで戦国時代は終結したと言われるが、九戸政実は豊臣秀吉の奥州仕置後もこの城に籠城し、秀吉が派遣した奥州再仕置軍の攻撃に頑強に抵抗している。
九戸政実の乱の終結後、九戸氏の旧領は南部宗家の当主・信直に所領として与えられるとともに、九戸城は蒲生氏郷や浅野長吉らによって上方風の近世城郭に改築された。
このとき九戸城は福岡城と名を改められたが、領民は九戸城と呼び続け、現在でも九戸城と呼ぶのが一般的である。
この改築の際に穴太衆によって築かれた石垣は東北地方の城では最古の石垣として知られる。
また改築前の九戸城が各曲輪が独立した構造だったのに対し、改築後は本丸を中心に据えて二の丸をL字型に配し、曲輪に主従関係がはっきりと見られるようになった。

信直は九戸城を福岡城と改称し、慶長2年（1597年）に盛岡城を普請するまで福岡城を本拠として使用した。
盛岡城の普請中も信直は度々福岡城に居住し、九戸城改築の際に改修された松の丸で没した。その後、寛永13年（1636年）に九戸城は廃城となった。
城跡は昭和10年（1935年）に国の史跡に指定され、平成29年（2017年）4月6日には続日本100名城に選定された。

歌曲「荒城の月」の作詞者・土井晩翠が当地にリンゴ狩りに訪れた際、自ら筆を執り記した「荒城の月」の歌碑が建立されている。

豊臣秀吉に最後まで抗った城

九戸氏の最後の当主である政実は、豊臣秀吉の奥州支配に最後まで抗った大名として一部で有名である。
南部氏には当初宗家の立場にあったとされる八戸南部氏や、戦国時代に台頭した三戸南部氏、そして九戸氏など有力な一族が分立し、主従関係が曖昧なままだった。
天正10年（1582年）、南部氏では当主の南部晴政とその嫡男晴継が相次いで死去したことによる宗家の跡継ぎ問題を発端とし、晴政の養子となっていた三戸南部の信直と九戸南部の政実が対立した。
さらに天正18年(1590年)の豊臣秀吉による奥州仕置で、三戸南部氏を宗家に有力一族が家臣として仕えることが取り決められた。
この時八戸南部氏や九戸南部氏は独立が認められることもあり得たが、八戸南部氏の政栄は南部氏の分裂を阻止するため、三戸南部氏に仕える道を選んだ。
一方で信直の宗家相続を不服とした政実は天正19年（1591年）に挙兵、信直はこれを独力で鎮圧することができず秀吉に救援を要請し、信直が結んだ豊臣氏と対抗する形になった九戸政実は、5000人の兵をもって九戸城に籠城した。

九戸城は豊臣秀吉が派遣した6万の奥州再仕置軍に包囲されたが、南部氏のなかでも精鋭の九戸党を率いる政実指揮の下、天然の要害である九戸城は容易には落ちなかった。
そこで再仕置軍は和睦を持ちかけ、政実は家臣や婦女子の助命を条件に開城した……、はずだったがこれは豊臣方の罠であり、女子を含め九戸一族は根絶やしにされたと伝わる。（実際、首を刎ねられた男女の人骨が出土している。）
これが世にいう九戸政実の乱であり、乱の終結をもって秀吉による天下統一は完成することとなった。