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徳川氏の支配下に置かれた諏訪原城は古代中国の故事にちなんで牧野城と改称され、武田氏時代の縄張を踏襲して改修された。
このとき城主として今川氏真が置かれ、松平家忠・松平康親がこれを補佐したが、氏真は1年足らずで浜松に召還されている。

諏訪原城の特徴は中心となる主郭を中心に放射状に通路を設け、その先に馬出を配置するという構造だが、これは後に聚楽第の設計に影響を与え、聚楽第型城郭が広まることになったと考えられている。
最大の特徴は約70メートルにもおよぶ巨大な三日月堀と丸馬出で、これらは武田氏の築城技術の代表的なものであり、良好な状態で残る諏訪原城は武田流築城術の典型例とされてきた。
しかし近年の発掘調査で、これらの丸馬出や三日月堀は徳川氏によって改修が行われた可能性が高まっており、徳川氏の築城技術への注目も集まってきている。
武田氏が滅亡すると諏訪原城の重要性は失われ、天正18年（1590年）に廃城となった。