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備後山内氏は当初備後守護山名氏に従っていたが、応仁の乱以降山名氏の勢力が衰えると自立、周辺の国人を配下に取り込み、備後北西部にその勢力を広げ、備後の有力国人となった。
永正～享禄期になると、備後には出雲の尼子氏が進出してくるとともに、西からは徐々に周防・長門の大内氏が安芸を経て勢力を広げてきたため、両者に挟まれることになり対応に苦慮するようになる。
結局、天文5年（1536年）に尼子氏の攻撃を受け甲山城は落城、当主山内直通は隠居を余儀なくされ、尼子氏の圧力の下、一族で蔀山城主の多賀山氏から多賀山隆通が跡を継いだ。
こうして備後山内氏は尼子氏の勢力下に入ったものの、隆通は大内義隆による月山富田城攻めの総崩れから這々の体で退却してきた毛利元就を甲山城に迎え、家臣をつけて毛利領まで送り届けたりと、毛利元就にも気脈を通じていた。
最終的に天文22年（1553年）に従兄弟にあたる五龍城主宍戸隆家を通じて毛利元就に属し、毛利元就も山内氏を備後国人の筆頭として丁重に迎えた。
その後も山内氏は甲山城を拠点に毛利家臣として活躍したが、天正19年（1591年）に山内元資が広島城下に移り同地を離れ、関ヶ原後毛利氏が周防・長門の2カ国に減封された際山内氏も萩へと移り、この時甲山城は廃城になった。

現在では甲山山頂付近に城址碑が立てられており、付近には土塁などの遺構が確認出来る他中腹には山内氏の菩提寺であった円通寺が現在でも続いている。