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義顕の孫の清顕は一人娘の愛姫を伊達政宗に正室として嫁がせ、伊達氏と同盟関係を結ぶことによって独立を保った。
天正14年（1586年）に清顕が跡継ぎのいないまま死去すると後継者問題が起こるが、清顕の甥の宗顕が政宗の支援を受けて当主となり、以後田村氏は伊達氏に実質的に従属して行動を共にすることとなった。
天正18年（1590年）の豊臣秀吉による奥州仕置では、田村氏は小田原に参陣しなかったことを咎められて所領没収となり、三春城は伊達氏が所有したのち、会津に入った蒲生氏郷によって会津若松城の支城となった。
氏郷の死後に会津に入った上杉景勝も田村郡を領有したが、三春城は用いずに陸奥守山城に城代を置き田村郡を支配した。

関ヶ原の戦いで景勝が米沢に移されると会津には蒲生氏・加藤氏が入り、三春城にはそれぞれの重臣が配置された。
寛永5年（1628年）には松下長綱が入り、三春城は大規模な改修が行われ近世城郭へと姿を変えた。
長綱が改易されると、脇本城などを拠点に出羽国で勢力を伸ばした安東氏の後身である秋田氏が三春城主となり、この秋田氏の時代に松下氏時代の城郭を踏襲しつつ、居館を山頂から山麓に移し平山城として改修された。
以後三春城は三春藩秋田氏11代の居城として機能し、明治4年（1871年）の廃藩置県で廃城となった。

三春城では本丸と御殿が主に使用されたこともあって、本丸東側の帯曲輪や三の丸に中世の田村氏時代の遺構が残り、本丸裏門跡や本丸北東角には蒲生氏時代の石垣があり、松下氏・秋田氏時代の近世城郭の遺構と合わせ、各時代の異なる築城技術が見られる。
また三春城は桜の名所としても知られ、三春城が築かれた田村郡には日本五大桜あるいは三大巨桜の一つに数えられる「三春滝桜」があり、天下統一・桜花の巫女~陸奥（磐城）~にも登場している。