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後北条氏もまた上総に進出してきたことで、佐貫城は絶え間ない攻防戦によって度々所有者が変わった。
天文13年（1544年）には玉縄城主北条綱成が佐貫城を攻撃し、翌年に北条氏康が佐貫城を占拠した。
弘知2年（1556年）には里見義弘が佐貫城を奪って本拠とし、ここから出陣して後北条氏の鎌倉を攻撃している。
しかし永禄2年（1559年）には後北条氏が奪い返し、布施弾正が城代として置かれた。
永禄5年（1562年）には上杉謙信が古河公方に足利藤氏を擁立し、古河城を追われた足利義氏は一時関宿城に入ったのち、氏康の保護下で佐貫城に入り、ここに仮の御所を置いた。
翌年に義弘が佐貫城を奪い義氏は鎌倉に逃れたが、後北条氏は第二次国府台合戦で里見氏に勝利し上総南部に侵攻した。
永禄10年（1567年）、義弘は佐貫城から出陣して三船山合戦で後北条氏に勝利し、以後上総では里見氏が優位に立った。

しかし天正6年（1578年）に義弘が死去すると里見氏では内紛が起こり、佐貫城には城代が置かれ本拠は安房に後退した。
さらに天正18年（1590年）の小田原征伐で里見氏は上総の所領を没収され、佐貫城には徳川家康の家臣・内藤家長が入った。
元和8年（1622年）には松平忠重が入って佐貫藩を立藩し、以後廃城と再建を繰り返しつつ、宝永7年（1710年）に阿部正鎮が入って佐貫城を再建してからは阿部氏8代の居城となって明治維新を迎えた。