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堀越城は津軽平野南部のやや東寄りの平野部に位置する平城で、基本的には堀と土塁による人為的な高低差が守りの要となる土の城だった。
城域のやや南東寄りの中央部に本丸が置かれ、その北西に二の丸と小丸、東側に三の丸、そして城城の南縁には外構、北縁に北の曲輪が配置された。このような本丸を中心とする求心的な縄張は、発掘調査によって為信が堀越城に本拠を移転した際の改修によるものと判明している。
それぞれの曲輪は堀が取り囲み、外構の南縁には前川が東流し天然の水堀となっている。本丸西虎口とは土橋で接続された二の丸は南・北・西を土塁で囲まれた小規模で閉鎖的な曲輪で、本丸東虎口と復元された木橋でつながる三の丸には複数の大型掘立柱建物があり、家臣団の屋敷地であったと考えられる。
礎石建物は本丸にのみ確認され、為信が堀越城を本拠としていた16世紀末から17世紀初頭の津軽地方における不穏な政治状況下で、中央政権とのつながりを示すために導入したとされる。特に本丸東門は、対立していた南部氏の旧勢力圏である岩木川東岸域に対して威容を示すために建築されたと思われる。
もっとも石垣を持たない堀越城は城・城下ともに後に津軽氏の本拠となる弘前城よりも小規模であり、近世大名の居城としては不十分だった。弘前城は慶長16年（1611年）に完成して堀越城は本拠としての役割を終え、元和元年（1615年）の一国一城令で廃城となった。

廃城後の堀越城は同時代の文献史料がほとんど無いことから長くその実態は不明瞭だったが、昭和60年（1985年）に弘前城に追加される形で国の史跡に指定され、指定名称が「津軽氏城跡　堀越城跡　弘前城跡」となった。
さらに平成14年（2002年）には大浦氏の祖・大浦光信が本拠とした種里城も追加され、指定名称が「津軽氏城跡　種里城跡　堀越城跡　弘前城跡」に改められた。
これらの史跡指定を経て、平成10年（1998年）度から平成25年（2013年）度にかけての弘前市による発掘調査で堀越城の様相は徐々に明らかとなってきており、さらに平成24年（2012年）度から本格化した整備事業によって公開環境が向上し、2020年春の全面公開を目指した整備が現在も進行している。