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スイスでは13世紀にゴッタルド峠が開通して主要な交通路となり、グラン・サン・ベルナール峠の重要性は失われ、サヴォイア伯国はイタリア方面を重視するようになった。
シヨン城もまたサヴォイア伯国にとって重要な城ではなくなり、1536年にはベルンの軍勢に攻撃され、3週間の包囲の末に落城した。この時、サヴォイア伯によって城内に幽閉されていた宗教改革者フランソワーズ・ボニヴァルが救出されたという。
ベルンはこの地を12の行政区に分け、シヨンはヴヴェイの中心地に位置づけられた。シヨン城はベルンによって代官が置かれ、武器庫や牢獄、レマン湖の艦隊の工廠として用いられたが、中世以来の城郭は居住性が悪かったため、1733年にはヴヴェイのより近代的な居館へと拠点が移された。

1798年、フランス革命の影響がスイスにも波及し、ヴォー州はナポレオン・ボナパルトから支援を得て革命を起こし、ベルンから独立した。1803年にはヴォー州はスイス連邦に加盟し、以後シヨン城は現在に至るまでヴォー州が管理することとなる。
シヨン城は引き続き武器や弾薬の保管庫、牢獄として用いられた。1816年にはイギリスの詩人バイロンが訪れ、シヨン城に捕らえられていたフランソワーズ・ボニヴァルを詠った『シヨンの囚人』や『シヨン城詩』を発表し、シヨン城は多くの観光客を集めるようになった。
19世紀末にはヴォー州の考古学者アルバート・ネフがシヨン城の修復を任され、この修復工事は現在も続けられている。