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安芸武田氏は鎌倉幕府御家人として元弘の乱において幕府方であったため、建武の新政において閉塞するも、足利尊氏に同調し活躍、観応の擾乱の際には甲斐の庶流石和流武田氏を逐い甲斐守護職も得るに至り、嫡流は甲斐に戻った。
安芸に残った庶流は、間もなく安芸守護職を失い分郡守護となるも、佐東銀山城を拠点に安芸西部を広く治め、若狭守護に任ぜられた若狭武田氏を分出させるなど一定の勢力を得ていたが、15世紀後半になると西の大内氏の侵攻を受けるなど衰退し始めた。
そのような情勢に、安芸武田氏当主武田元繁は安芸に勢力を伸ばしつつあった尼子氏と手を結び大内氏に対抗することを選んだが、永正14年（1517年）有田城を巡る戦いで吉川・毛利勢に大敗、元繁は討ち死にしてしまった（有田中井手の戦い）。
その子光和は大永4年（1524年）の大内氏の攻撃を尼子氏の支援により撃退するも家中の争乱の中天文9年（1540年）に急死、若狭武田氏からの養子である信実は家中の争いから出雲に逃亡するなど、安芸武田氏の衰退は加速度的に進んでいった。
間もなく、尼子氏が大内方に転じた毛利氏の吉田郡山城攻めを開始したため信実は佐東銀山城に戻るも、肝心の尼子氏が大内・毛利方に敗れてしまったため再度出雲に逃亡、間もなく佐東銀山城も落城し安芸武田氏は没落した。
その後は大内氏の冷泉隆豊が城代となり、毛利氏が大内・陶氏に反旗を翻すと桜尾城などとともに毛利氏が接収、毛利氏の一城として続くも広島城が完成すると重要性が薄れ、関ヶ原の合戦後毛利氏が長門・周防に移った際に廃城となった。

武田信実は通説では出雲で死去したとされていたが、現在では、その後実家である若狭武田氏に戻り幕臣として仕え、京を追放された足利義昭が毛利氏を頼った際にはこれに付き従い、そこで亡くなったという説も出ている。
戦国末期、毛利氏の外交担当役となっていた僧安国寺恵瓊は安芸武田氏の庶流の出（信実逃走後も城に残り自害した武田信重の遺児とされる）であるとされている他、光和の庶子は毛利氏に仕え武田宗慶を名乗り活躍した。
宗慶の子孫の一部は安芸に残り（もしくは戻り）、その後裔という武田宗右衛門が開いた私塾が現在の呉武田学園の基盤となり、武田の名を現在に継いでいる。

城跡は現在ではハイキングコースとなっているが、遺構も含めてよく保存されており、曲輪やそれを守る堀切、石垣などが現在でも確認できる。
周辺には武田氏時代から続く寺社があるほか、登山口にあたる祇園北高校では校章に武田菱があしらわれているなど現在でも武田氏統治の歴史が地元で連綿と受け継がれている。